알고리즘 트레이딩은 사용자가 정의해둔 알고리즘에 따라 자동으로 매매를 진행하여 시장의 분위기나 사람의 심리적인 요소가 개입되지 않는다. 컴퓨터 프로그램에 의해 여러 시장에 대한 정보를 바로 확인할 수 있으며 조건에 대해 즉각적인 반응을 하고 정확하게 거래 주문을 넣어 최적의 가격에 거래할 수 있다.
벡테스팅을 통해 자신의 알고리즘을 과거 데이터에 대입하여 효율적인 성과를 내는지 확인이 가능하다. 사용자의 알고리즘에 따른 이익이나 손실을 확인하기 위해 과거 혹은 실시간 데이터를 적용하여 알고리즘을 테스트해볼 수 있다.
프로그램이 아닌 사람이 매매할 경우 호재나 악재 등 시장 분위기에 맞춰 시장을 판단할 수 있지만, 알고리즘 트레이딩은 해당 상황을 명확하게 대처할 수 없다.
기술적인 문제로 시스템 장애가 발생할 수 있다. 네트워크 지연 및 보안 문제 등 가능성을 항상 염두해야한다.
시장과 맞지 않는 잘못된 논리 알고리즘에 의해 막대한 손실이 발생할 수 있다.